Les parties peuvent faire appel des décisions prises par les Co-juges d’instruction, demander l’annulation d’actes d’instruction ou une sanction contre une personne qui entraverait l’administration de la justice devant la Chambre préliminaire. Celle-ci est composée de trois juges cambodgiens et de deux internationaux. Toute décision nécessite les votes convergents d’au moins quatre des cinq juges.
Si l'instruction donne lieu à une ordonnance de renvoi, les audiences se déroulent devant la Chambre de première instance. Celle-ci décide de la culpabilité ou de l’absence de culpabilité de l'accusé en se fondant sur des témoignages, des éléments de preuve et les arguments avancés par les parties durant le procès. La Chambre est composée de trois juges nationaux et de deux internationaux, tout jugement de culpabilité nécessite les votes convergents d’au moins quatre des cinq juges.
La Chambre de la Cour suprême traite des appels interjetés contre les décisions et jugements de la Chambre de première instance. Elle est composée de quatre juges cambodgiens et de trois internationaux. Toute décision adoptée par la Chambre nécessite les votes convergents d’au moins cinq des sept juges.